RNA-Sequenzierung (RNASeq)

Für die mRNA-Sequenzierung wird diese zunächst in cDNA umgeschrieben und kann dann mit allen NGS-Technologien sequenziert werden. Dabei ist aber darauf zu achten, den sehr hohen Anteil der rRNAs zu reduzieren. Die sequenzierten Fragmente werden dann auf das Referenzgenom gemappt, wobei eine 75bp Leseweite ein optimales Ergebnisse widerspiegeln. Die erforderliche hohe Abdeckung wird hier durch eine große Anzahl einzelner, Reads erreicht. Der HiSeq 1500 für große Genome oder MiSeq für kleine Genome sind ideal geeignet für die mRNA-Sequenzierung.

Diffs3

Beispiel für ein RNASeq-Projekt:

- Sequenzierung auf dem Illumina HiSeq 1500

+ Mapping der Reads

+ Differentielle Genexpression

+ Operondektion

+ Startcodonsuche

+ Motif-Suche