Resequenzierung

Die Resequenzierung verschiedener Isolate einer Spezies dienen der Identifkation von SNPs oder DIPs, welche in Verbindung stehen für einen abweichenden Phänotypen in Vergleich zum Wildtyp. Für die Resequenzierung wird ein geeignetes Referenzgenom benötigt, auf welches die Rohdaten gemappt werden. Dafür ist eine sehr hohe Genomabdeckung erforderlich, die durch eine große Anzahl einzelner Reads erreicht wird. Je nach Größe des Genoms eignen sich hierfür der HiSeq 1500, MiSeq oder PGM.

RX1

Beispiel für ein Resequenzierungsprojekt:

- Sequenzierung auf dem PGM, Illumina HiSeq oder auf dem Illumina MiSeq

+ Mapping der Reads

+ SNP- und Indel-Analyse