de novo Sequenzierung

Vollständige und lückenfreie Genome sind das Ziel bei de novo Sequenzierungen. Hierbei sind lange Leseweiten von großem Vorteil, weil lange Reads repetitive Bereiche überspannen und die Assemblierung wesentlich vereinfachen. Sequenzierungen mit dem MiSeq oder mit dem GS FLX/ FLX+ System sind hier die am meisten verwendeten Ansätze, während auch die Sequenzierungen auf dem PGM ebenfalls zu guten Ergebnissen führt, wenn auch die Anzahl der verbleibenden Lücken gegenüber den anderen Technologien meist höher ist.

Daten aus Paired End- oder MatePair-Ansätzen, die eine Anordnung einzelner assemblierter Bereiche (Contigs) zu größeren Abschnitten (Scaffolds) ermöglichen, liefern wertvolle Informationen über die Genomstruktur. Gerade bei Organismen, für die kein Referenzgenom verfügbar ist wird eine solche Sequenzierung empfohlen.

Beispiel für ein Genomprojekt:

- Sequenzierung auf dem Roche GS FLX+ oder auf dem Illumina MiSeq

+ Scaffolding & Contig-Orientierung mittels Paired end oder Mate Pair Informationen mit unterschiedlich großen Inserts

+ Finishing mittels in silico Finishing

+ Assemblierung der Rohdaten 

+ Annotation

+ Komparative Analysen

+ Rekonstruktion von Stoffwechselwegen