Probenanforderung für Genom – und Metagenomsequenzierung

Zur Erstellung hochqualitativer genomischer und metagenomischer Sequenzierbibliotheken spielt das Ausgangsmaterial eine wesentliche Rolle. Die DNA sollte vollständig gelöst in 1x TE-Puffer (pH 8,0), für Long Paired End / Mate Pair Bibliotheken in 10mM TrisHcl-Puffer (pH 7,5-8,5) oder in Wasser vorliegen. Die gDNA muss in Fragmenten > 30 kb (für 3-7kb Abstände), in Fragmenten > 40 kb (für 8-20 kb-Abstände) vorliegen.

 

Illumina Plattform MiSeq / HiSeq 1500

TruSeq Shotgun Library 2 µg in ≤ 50 µl
TruSeq PCR-free Shotgun Library (350 o. 550bp Insert) 1-2 µg in ≤ 50 µl
Nextera Whole Genome Shotgun Library 0,1 µg in ≤ 10 µl
Nextera Mate Pair Library (bis 10 kb Insert) 5 µg in ≤ 150 µl
Amplikongenerierung 10 ng pro PCR

 

GS FLX / GS FLX +

Whole Genome Shotgun Library 450bp Insert 0,5 µg in ≤ 80 µl
Whole Genome Shotgun Library 600bp Insert 1 µg in ≤ 80 µl
Amplikonlibrary 10 µg pro PCR
Long Paired End Library Roche 3kb Abstand 5 µg in ≤ 200 µl
Long Paired End Library Roche 5kb Abstand 5 µg in ≤ 200 µl
Long Paired End Library Roche 8kb Abstand 15 µg in ≤ 150 µl
Long Paired End Library Roche 20kb Abstand 30 µg in ≤ 150 µl

 

Ion Torrent PGM

Ion gDNA und Long Amplikon (>400bp) Library 1-2 µg in ≤ 100 µl
Ion Mate Pair Library 3kb Abstand 5 µg in ≤ 200 µl
Ion Mate Pair Library 10kb Abstand 20 µg in ≤ 150 µl
Ion Ampliseq Library 10 ng pro PCR