Genomsequenzierung

GenomplotDiverse Mikroorganismen besitzen Eigenschaften, die von großem Interesse für industrielle oder medizinische Anwendungen sind. Durch Genominformation können diese Eigenschaften besser verstanden und analysiert werden. Wir sequenzieren ihr Genom, ob eukaryotisch oder prokaryotisch mit der neusten Next-Generation Sequenziertechnologie und jahrelanger Erfahrung in diesem Bereich. Durch maßgeschneiderte Planung der Genomprojekte mit anschließender Datenauswertung und -visualisierung durch unsere Bioinformatik, erhalten sie auf Wunsch publizierbare Sequenzdaten. Wir sind in erster Linie auf de novo Sequenzierungen von Gram-positiven Bakterien (vor allem hoch GC-haltige Taxa) und Pilze spezialisiert, aber auch Resequenzierungen werden bei uns professionell durchgeführt.

 

de novo Sequenzierung

Unter “de novo Sequenzierung“ versteht man die primäre Entschlüsselung der Basenabfolge eines bisher unbekannten Genoms mit dem Ziel eine vollständig zusammenhängende Sequenz zu generieren. Hierzu bieten sich vornehmlich Methoden an, die lange und viele Reads generieren, um repetitive Bereiche im Genom zu überspannen und das Genom möglichst komplett abzudecken. In der Regel kombiniert man Whole Genome Shot (WGS) Reads mit Seqenzdaten von Paired End (454) bzw. Mate Pair (Illumina) Genombibliotheken. Diese Strategie hat den Vorteil, dass neben einer hohen Abdeckung der Genomsequenz auch Informationen über die Reihenfolge der assemblierten Sequenzen vorliegen. Dadurch ist Struktur des Genoms direkt nach der Assemblierung ablesbar.

 

Resequenzierung

Resequenzierungen von Genomen werden hauptsächlich zur Detektion genetischer Variationen, wie SNPs oder Indels, innerhalb von eukaryotischen Populationen oder von unterschiedlichen Generationen von prokaryotischen Produktionsstämmen durchgeführt. Durch den Vergleich mit einem Referenzgenom können Änderungen in der Basenabfolge und deren Konsequenzen auf Phänotypen untersucht werden.

 

Zur Auswertung ihrer Genomsequenzen stehen Ihnen verschiedene bioinformatische Analysemethoden zu Verfügung. Schauen Sie in unserm Bioinformatik–Angebot nach.