Genomassembly

Durch den Einsatz leistungsstarker Rechencluster und großer Speichersysteme bieten wir Ihnen eine herausragende Infrastruktur, welche auch die Assemblierung von großen eukaryotischen Genomen ermöglicht. Wir helfen Ihnen gerne bei der Wahl eines geeigneten Assemblerprogramms für Ihr Projekt. Durch Vorverarbeitung der Sequenzdaten (Clipping, Quality-Trimming) und der Wahl der optimalen Parameter für die Assemblierung, erhalten Sie bei uns die bestmöglichen Assemblier- Ergebnisse. Optional bieten wir auch das Scaffolding der entstandenen Contigs (je nach Assemblerprogramm und Datenzusammensetzung) an.

 

Sie liefern uns ihre Sequenzdaten im SFF-, FastQ- oder Fasta-Format und Informationen über den Aufbau der Bibliotheken (Paired end / Mate Pair, Insertgrößen). Sie bekommen von uns die generierten Contigs- und Scaffoldsequenzen (je nach Assembler) und Dateien zur weiteren Bearbeitung des Assemblies mit Programmen wie Consed/AMOS (je nach Assembler).

 

Individuelle Lösungen, für die de novo Assemblierung von Transkriptom- und Metagenomendaten oder die Filterung von Kontermination, sind auf Anfrage erhältlich.